Portugal ocupa uma posição primordial no âmbito dos estudos culturais desenvolvidos pela  Academia Brasil-Europa. Esse significado especial e fundamental reside na própria formação histórica do Brasil como país colonizado pelos portugueses e pelo significado da imigração portuguesa em período posterior. A comunidade de língua possibilitou e possibilita estreitos elos, facilitando a comunicação e garantindo uma situação única de proximidade intelectual. Mesmo estudos culturais não explicitamente relacionados com Portugal dizem respeito à história cultural portuguesa, como no caso daqueles dedicados a expressões culturais do Brasil remontantes ao período colonial.

Em 1968, quando, após vários anos de trabalhos preparatórios, fundou-se a entidade voltada à renovação dos estudos culturais e que constitui hoje a Organização Brasil-Europa, as reflexões relativas a Portugal foram impulsionadas sobretudo pelo compositor português Jorge Peixinho, então atuante no Brasil. Em várias oportunidades, esse compositor chamou a atenção para a necessidade de uma renovação profunda de perspectivas e do edifício de concepções nos estudos portugueses e luso-brasileiros. Esses seus intuitos renovadores vinham de encontro à necessidade sentida pelos pesquisadores da cultura popular no Brasil, que procuravam novos caminhos para o desenvolvimento refletido teoricamente da sempre estreita cooperação com pesquisadores portugueses de Etnografia e Folclore.

Em sessão realizada na Casa de Portugal de São Paulo, em 1970, deu-se início aos estudos das relações Brasil-Portugal dirigidos primordialmente ao exame de processos difusão cultural e de seus pressupostos. Como então exposto, esses estudos relacionados com Portugal procuravam inserir-se, de forma atualizada, em correntes históricas de pensamento anteriores ao longo período marcado por concepções político-culturais de cunho nacionalista e autoritário vigentes sobretudo desde a década de 30 do século XX. A entidade então fundada não se inseria, de forma explícita, na história institucional representada por organizações e centros fundados nesse períódo, no Brasil ou no Exterior. Um dos seus objetivos deveria ser justamente o de analisar o vir-a-ser, os trabalhos, as rêdes sociais e os edifícios de concepções e visões dessas instituições.

Em 1972, quando da introdução da disciplina da Etnomusicologia na área de Licenciatura em Educação Artística em São Paulo, relizou-se a primeira tentativa de configuração teórica de uma Antropologia Cultural de orientação musicológica adequada ao complexo cultural do mundo de língua portuguesa. Em 1973, realizou-se então uma primeira viagem de contatos e estudos a Portugal. Devido à situação política da época, não foi porém possível concretizar o plano de criação de uma organização conjunta de renovação teórico-cultural que abrangesse os dois países.

A partir de 1975, os estudos culturais Brasil-Portugal conduzidos nesse sentido tiveram a sua continuidade junto ao Instituto de Musicologia da Universidade de Colonia, Alemanha. Neles atuaram os pesquisadores portugueses Maria Augusta Alves Barbosa e Armindo Borges, que se manteriam nos órgãos diretivos da entidade até o presente. Esses esforços marcaram aqui, dentro da própria universidade que possui um instituto português e brasileiro remontante à década de 30, a decisão de dar-se continuidade, também na Europa, ao desenvolvimento institucional renovador iniciado no Brasil e que explicitamente não se vê na tradição dos estudos luso-brasileiros configurados na época.

Também aqui prosseguiu-se com os trabalhos de desenvolvimento de uma Antropologia Cultural de condução musicológica adequada para o mundo de língua portuguesa. Entre os diferentes complexos temáticos estudados no decorrer dos anos, salientam-se aqueles dedicados à linguagem simbólica das tradições portuguesas, às concepções e imagens da Antiguidade tardia e à mística medieval.

Procuravam-se meios para a institucionalização da entidade que hoje constitui a organização Brasil-Europa em Portugal, quando ali criou-se o Departamento de Ciências Musicais da Universidade Nova de Lisboa. Após encontro realizado em Lisboa, em 1980, decidiu-se, em simpósio internacional efetuado em São Paulo, por sugestão de Luís Heitor Corrêa de Azevedo (UNESCO), que se criasse o seu centro de ação na Alemanha, dado o significado dos elos entre a Alemanha e os estudos do mundo de língua portuguesa no passado e a conveniência de se assim marcar claramente o início de uma nova fase, não inserida nessa continuidade institucional.

Após vários eventos preparatórios, registrou-se, em 1985, Ano Europeu da Música, o Institut für Studien der Musikkultur des portugiesischen Sprachraumes, primeira instituição dedicada a estudos culturais de condução musicológica para o mundo de língua portuguesa. Oficializou-se, assim, na Europa, a entidade fundada em 1968.

A presença e a participação de pesquisadores portugueses foram de particular importância em vários eventos desde então realizados, salientando-se o Congresso Internacional do Rio de Janeiro (1992), o Colóquio sobre Antropologia Simbólica dedicado a S. Gonçalo de Amarante (1998), o Congresso Internacional "Música e Visões" (1999), o Colóquio Internacional "Dimensões Européias da Cultura Portuguesa" (2002) e o Colóquio Internacional de Estudos Interculturais (2004).